Skip to main content

Table 1 Vector for allele HLA-B55 in space Y.

From: A geometric and algebraic view of MHC-peptide complexes and their binding properties

Amino

Peptide amino acid position

Acid

P1

P2

P3

P4

P5

P6

P7

P8

P9

A

0.25

0.16

0.16

0.20

0.17

0.18

0.18

0.17

0.12

C

0.10

0.05

0.14

0.11

0.04

0.11

0.06

0.06

0.03

D

0.17

0.04

0.17

0.16

0.12

0.10

0.08

0.09

0.03

E

0.16

0.16

0.09

0.13

0.10

0.08

0.11

0.32

0.02

F

0.27

0.12

0.24

0.13

0.13

0.14

0.14

0.08

0.22

G

0.15

0.14

0.10

0.15

0.12

0.14

0.11

0.13

0.09

H

0.09

0.16

0.11

0.09

0.11

0.13

0.13

0.07

0.10

I

0.16

0.14

0.20

0.12

0.12

0.20

0.13

0.19

0.35

K

0.13

0.05

0.18

0.15

0.39

0.12

0.13

0.13

0.43

L

0.21

0.26

0.15

0.18

0.15

0.17

0.18

0.16

0.32

M

0.13

0.09

0.11

0.03

0.08

0.05

0.21

0.08

0.15

N

0.11

0.08

0.09

0.13

0.12

0.14

0.08

0.10

0.09

P

0.06

0.84

0.18

0.15

0.23

0.11

0.15

0.22

0.04

Q

0.15

0.08

0.08

0.30

0.07

0.22

0.15

0.10

0.03

R

0.42

0.71

0.29

0.18

0.16

0.16

0.16

0.12

0.23

S

0.14

0.14

0.12

0.13

0.19

0.26

0.10

0.16

0.04

T

0.14

0.18

0.13

0.15

0.12

0.11

0.37

0.16

0.06

V

0.11

0.26

0.19

0.11

0.13

0.13

0.19

0.13

0.23

W

0.05

0.07

0.08

0.13

0.06

0.08

0.13

0.07

0.10

Y

0.12 A

0.25

0.42

0.10

0.08

0.14

0.16

0.08

0.25

 

A

P

R

Q

P

G

L

M

A

 

A

P

R

T

V

A

L

T

A

 

A

P

R

Q

P

G

L

M

A

 

A

P

R

T

V

A

L

T

A

 

R

P

R

H

Q

G

V

M

V

 

I

P

Y

H

I

V

N

I

V

 

A

P

T

G

D

L

P

R

A

  1. The top part of the table shows the vector for allele HLA-B55, of size 180, represented as a matrix. (Data for this allele was not used to build the models in this study.) The bottom part of the table shows the sequence of seven nonameric peptides known to bind to HLA-B55. Highlighted in bold are the points of agreement between the model and the sequence of these peptides.