Skip to main content

Table 1 Vector for allele HLA-B55 in space Y.

From: A geometric and algebraic view of MHC-peptide complexes and their binding properties

Amino Peptide amino acid position
Acid P1 P2 P3 P4 P5 P6 P7 P8 P9
A 0.25 0.16 0.16 0.20 0.17 0.18 0.18 0.17 0.12
C 0.10 0.05 0.14 0.11 0.04 0.11 0.06 0.06 0.03
D 0.17 0.04 0.17 0.16 0.12 0.10 0.08 0.09 0.03
E 0.16 0.16 0.09 0.13 0.10 0.08 0.11 0.32 0.02
F 0.27 0.12 0.24 0.13 0.13 0.14 0.14 0.08 0.22
G 0.15 0.14 0.10 0.15 0.12 0.14 0.11 0.13 0.09
H 0.09 0.16 0.11 0.09 0.11 0.13 0.13 0.07 0.10
I 0.16 0.14 0.20 0.12 0.12 0.20 0.13 0.19 0.35
K 0.13 0.05 0.18 0.15 0.39 0.12 0.13 0.13 0.43
L 0.21 0.26 0.15 0.18 0.15 0.17 0.18 0.16 0.32
M 0.13 0.09 0.11 0.03 0.08 0.05 0.21 0.08 0.15
N 0.11 0.08 0.09 0.13 0.12 0.14 0.08 0.10 0.09
P 0.06 0.84 0.18 0.15 0.23 0.11 0.15 0.22 0.04
Q 0.15 0.08 0.08 0.30 0.07 0.22 0.15 0.10 0.03
R 0.42 0.71 0.29 0.18 0.16 0.16 0.16 0.12 0.23
S 0.14 0.14 0.12 0.13 0.19 0.26 0.10 0.16 0.04
T 0.14 0.18 0.13 0.15 0.12 0.11 0.37 0.16 0.06
V 0.11 0.26 0.19 0.11 0.13 0.13 0.19 0.13 0.23
W 0.05 0.07 0.08 0.13 0.06 0.08 0.13 0.07 0.10
Y 0.12 A 0.25 0.42 0.10 0.08 0.14 0.16 0.08 0.25
  A P R Q P G L M A
  A P R T V A L T A
  A P R Q P G L M A
  A P R T V A L T A
  R P R H Q G V M V
  I P Y H I V N I V
  A P T G D L P R A
  1. The top part of the table shows the vector for allele HLA-B55, of size 180, represented as a matrix. (Data for this allele was not used to build the models in this study.) The bottom part of the table shows the sequence of seven nonameric peptides known to bind to HLA-B55. Highlighted in bold are the points of agreement between the model and the sequence of these peptides.