Table 3 Ligand all-atom RMSD (Å) and the number of docking solutions (N) in the cluster from 100 Larmarckian genetic algorithm (LGA) docking runs of twenty-five protease-inhibitor complexes.

code

N

RMSD (Å)

N

RMSD (Å)

N

RMSD (Å)

N

RMSD (Å)

N

RMSD (Å)

1gno

32

0.62

18

0.88

4

1.54

13

1.57

16

1.54

1hbv

4

2.15

8

1.18

6

1.30

6

2.05

9

3.18

1hef

8

1.46

6

1.24

4

1.13

12

2.14

9

2.23

1heg

15

2.16

7

0.88

4

0.94

6

1.31

5*

1.20

1hih

14

1.21

6

0.58

4

0.75

7

1.81

4

3.86

1hiv

12

1.27

8

1.04

4

1.06

5

1.29

7

2.75

1hps

10

1.03

5

1.35

1

0.95

5

1.53

2

2.84

1hpv

3

1.33

9

1.32

5

0.73

5

2.92

7

2.59

1hvi

13

1.53

6

0.93

4

0.95

2

2.94

5

3.54

1hvj

3

1.33

3

0.75

2

0.95

2

2.35

4

2.86

1hvk

8

1.44

4

1.34

7

1.12

9

0.97

2

3.26

1hvl

12

1.72

2

1.61

2

1.54

5

2.49

3

2.92

1hvr

18

0.98

9

0.70

6

0.68

8

1.01

8

2.37

1hvs

13

1.73

7

0.87

1

1.03

3

0.99

3

1.24

1hte

3

2.26

9

1.21

3

1.88

7

2.72

8*

3.23

1htf

13

1.11

8

1.03

6

0.93

13

2.11

10

2.9

1htg

8

1.96

9

0.97

8

1.03

6

0.96

12

2.86

1pro

18

0.76

15

0.78

7

0.77

9

0.63

9

0.87

1sbg

11

1.71

17

0.61

8

0.73

2

1.01

9

2.63

2upj

15

1.75

17

1.74

4

1.79

2

2.07

9

3.54

4phv

1

2.93

9

1.57

3

1.23

3

2.51

7

3.08

4hvp

3

1.97

11

0.98

2

1.37

5

1.91

7

2.16

5hvp

12

1.89

5

0.86

2

0.88

8

0.97

8*

1.01

8hvp

13

1.75

5

1.53

2

1.41

2

2.25

8

2.16

9hvp

6

2.66

6

1.48

2

1.54

2

2.51

8

2.12

Average

10.72

1.63

8.36

1.10

4.12

1.13

5.88

1.80

7.16

2.51