TY - JOUR AU - Tatusov, R. L. AU - Fedorova, N. D. AU - Jackson, J. D. AU - Jacobs, A. R. AU - Kiryutin, B. AU - Koonin, E. V. AU - Krylov, D. M. AU - Mazumder, R. AU - Mekhedov, S. L. AU - Nikolskaya, A. N. AU - Rao, B. S. AU - Smirnov, S. AU - Sverdlov, A. V. AU - Vasudevan, S. AU - Wolf, Y. I. AU - Yin, J. J. AU - Natale, D. A. PY - 2003 DA - 2003// TI - The COG database: an updated version includes eukaryotes JO - BMC Bioinformatics VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-4-41 DO - 10.1186/1471-2105-4-41 ID - Tatusov2003 ER - TY - JOUR AU - Klinger, C. AU - Rossbach, M. AU - Howe, R. AU - Kaufmann, M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Thermophile-specific proteins: the gene product of aq_1292 from Aquifex aeolicus is an NTPase JO - BMC Biochem VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2091-4-12 DO - 10.1186/1471-2091-4-12 ID - Klinger2003 ER - TY - JOUR AU - Makarova, K. S. AU - Wolf, Y. I. AU - Koonin, E. V. PY - 2003 DA - 2003// TI - Potential genomic determinants of hyperthermophily JO - Trends Genet VL - 19 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-9525(03)00047-7 DO - 10.1016/S0168-9525(03)00047-7 ID - Makarova2003 ER - TY - JOUR AU - Meereis, F. AU - Kaufmann, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - PCOGR: Phylogenetic COG ranking as an online tool to judge the specificity of COGs with respect to freely definable groups of organisms JO - BMC Bioinformatics VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-5-150 DO - 10.1186/1471-2105-5-150 ID - Meereis2004 ER - TY - JOUR AU - Orengo, C. A. AU - Michie, A. D. AU - Jones, S. AU - Jones, D. T. AU - Swindells, M. B. AU - Thornton, J. M. PY - 1997 DA - 1997// TI - CATH--a hierarchic classification of protein domain structures JO - Structure VL - 5 UR - https://doi.org/10.1016/S0969-2126(97)00260-8 DO - 10.1016/S0969-2126(97)00260-8 ID - Orengo1997 ER - TY - JOUR AU - Holm, L. AU - Sander, C. PY - 1993 DA - 1993// TI - Protein structure comparison by alignment of distance matrices JO - J Mol Biol VL - 233 UR - https://doi.org/10.1006/jmbi.1993.1489 DO - 10.1006/jmbi.1993.1489 ID - Holm1993 ER - TY - JOUR AU - Bauer, C. B. AU - Fonseca, M. V. AU - Holden, H. M. AU - Thoden, J. B. AU - Thompson, T. B. AU - Escalante-Semerena, J. C. AU - Rayment, I. PY - 2001 DA - 2001// TI - Three-dimensional structure of ATP:corrinoid adenosyltransferase from Salmonella typhimurium in its free state, complexed with MgATP, or complexed with hydroxycobalamin and MgATP JO - Biochemistry VL - 40 UR - https://doi.org/10.1021/bi002145o DO - 10.1021/bi002145o ID - Bauer2001 ER - TY - JOUR AU - Leipe, D. D. AU - Koonin, E. V. AU - Aravind, L. PY - 2003 DA - 2003// TI - Evolution and classification of P-loop kinases and related proteins JO - J Mol Biol VL - 333 UR - https://doi.org/10.1016/j.jmb.2003.08.040 DO - 10.1016/j.jmb.2003.08.040 ID - Leipe2003 ER - TY - JOUR AU - Ghosh, A. AU - Uthaiah, R. AU - Howard, J. AU - Herrmann, C. AU - Wolf, E. PY - 2004 DA - 2004// TI - Crystal structure of IIGP1: a paradigm for interferon-inducible p47 resistance GTPases JO - Mol Cell VL - 15 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2004.07.017 DO - 10.1016/j.molcel.2004.07.017 ID - Ghosh2004 ER - TY - JOUR AU - Walker, J. E. AU - Saraste, M. AU - Runswick, M. J. AU - Gay, N. J. PY - 1982 DA - 1982// TI - Distantly related sequences in the alpha- and beta-subunits of ATP synthase, myosin, kinases and other ATP-requiring enzymes and a common nucleotide binding fold JO - Embo J VL - 1 ID - Walker1982 ER - TY - JOUR AU - Pai, E. F. AU - Krengel, U. AU - Petsko, G. A. AU - Goody, R. S. AU - Kabsch, W. AU - Wittinghofer, A. PY - 1990 DA - 1990// TI - Refined crystal structure of the triphosphate conformation of H-ras p21 at 1.35 A resolution: implications for the mechanism of GTP hydrolysis JO - Embo J VL - 9 ID - Pai1990 ER - TY - JOUR AU - Pai, E. F. AU - Kabsch, W. AU - Krengel, U. AU - Holmes, K. C. AU - John, J. AU - Wittinghofer, A. PY - 1989 DA - 1989// TI - Structure of the guanine-nucleotide-binding domain of the Ha-ras oncogene product p21 in the triphosphate conformation JO - Nature VL - 341 UR - https://doi.org/10.1038/341209a0 DO - 10.1038/341209a0 ID - Pai1989 ER - TY - JOUR AU - Datta, S. AU - Ganesh, N. AU - Chandra, N. R. AU - Muniyappa, K. AU - Vijayan, M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Structural studies on MtRecA-nucleotide complexes: insights into DNA and nucleotide binding and the structural signature of NTP recognition JO - Proteins VL - 50 UR - https://doi.org/10.1002/prot.10315 DO - 10.1002/prot.10315 ID - Datta2003 ER - TY - JOUR AU - Ma, B. AU - Elkayam, T. AU - Wolfson, H. AU - Nussinov, R. PY - 2003 DA - 2003// TI - Protein-protein interactions: structurally conserved residues distinguish between binding sites and exposed protein surfaces JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 100 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1030237100 DO - 10.1073/pnas.1030237100 ID - Ma2003 ER - TY - JOUR AU - Wolf, Y. I. AU - Rogozin, I. B. AU - Kondrashov, A. S. AU - Koonin, E. V. PY - 2001 DA - 2001// TI - Genome alignment, evolution of prokaryotic genome organization, and prediction of gene function using genomic context JO - Genome Res VL - 11 UR - https://doi.org/10.1101/gr.GR-1619R DO - 10.1101/gr.GR-1619R ID - Wolf2001 ER - TY - JOUR AU - Constantinesco, F. AU - Motorin, Y. AU - Grosjean, H. PY - 1999 DA - 1999// TI - Characterisation and enzymatic properties of tRNA(guanine 26, N (2), N (2))-dimethyltransferase (Trm1p) from Pyrococcus furiosus JO - J Mol Biol VL - 291 UR - https://doi.org/10.1006/jmbi.1999.2976 DO - 10.1006/jmbi.1999.2976 ID - Constantinesco1999 ER - TY - JOUR AU - Matte-Tailliez, O. AU - Zivanovic, Y. AU - Forterre, P. PY - 2000 DA - 2000// TI - Mining archaeal proteomes for eukaryotic proteins with novel functions: the PACE case JO - Trends Genet VL - 16 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-9525(00)02137-5 DO - 10.1016/S0168-9525(00)02137-5 ID - Matte-Tailliez2000 ER - TY - JOUR AU - Armengaud, J. AU - Urbonavicius, J. AU - Fernandez, B. AU - Chaussinand, G. AU - Bujnicki, J. M. AU - Grosjean, H. PY - 2004 DA - 2004// TI - N2-methylation of guanosine at position 10 in tRNA is catalyzed by a THUMP domain-containing, S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase, conserved in Archaea and Eukaryota JO - J Biol Chem VL - 279 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M403845200 DO - 10.1074/jbc.M403845200 ID - Armengaud2004 ER - TY - JOUR AU - Strausberg, R. L. AU - Feingold, E. A. AU - Grouse, L. H. AU - Derge, J. G. AU - Klausner, R. D. AU - Collins, F. S. AU - Wagner, L. AU - Shenmen, C. M. AU - Schuler, G. D. AU - Altschul, S. F. AU - Zeeberg, B. AU - Buetow, K. H. AU - Schaefer, C. F. AU - Bhat, N. K. AU - Hopkins, R. F. AU - Jordan, H. AU - Moore, T. AU - Max, S. I. AU - Wang, J. AU - Hsieh, F. AU - Diatchenko, L. AU - Marusina, K. AU - Farmer, A. A. AU - Rubin, G. M. AU - Hong, L. AU - Stapleton, M. AU - Soares, M. B. AU - Bonaldo, M. F. AU - Casavant, T. L. AU - Scheetz, T. E. AU - Brownstein, M. J. AU - Usdin, T. B. AU - Toshiyuki, S. AU - Carninci, P. AU - Prange, C. AU - Raha, S. S. AU - Loquellano, N. A. AU - Peters, G. J. AU - Abramson, R. D. AU - Mullahy, S. J. AU - Bosak, S. A. AU - McEwan, P. J. AU - McKernan, K. J. AU - Malek, J. A. AU - Gunaratne, P. H. AU - Richards, S. AU - Worley, K. C. AU - Hale, S. AU - Garcia, A. M. AU - Gay, L. J. AU - Hulyk, S. W. AU - Villalon, D. K. AU - Muzny, D. M. AU - Sodergren, E. J. AU - Lu, X. AU - Gibbs, R. A. AU - Fahey, J. AU - Helton, E. AU - Ketteman, M. AU - Madan, A. AU - Rodrigues, S. AU - Sanchez, A. AU - Whiting, M. AU - Madan, A. AU - Young, A. C. AU - Shevchenko, Y. AU - Bouffard, G. G. AU - Blakesley, R. W. AU - Touchman, J. W. AU - Green, E. D. AU - Dickson, M. C. AU - Rodriguez, A. C. AU - Grimwood, J. AU - Schmutz, J. AU - Myers, R. M. AU - Butterfield, Y. S. AU - Krzywinski, M. I. AU - Skalska, U. AU - Smailus, D. E. AU - Schnerch, A. AU - Schein, J. E. AU - Jones, S. J. AU - Marra, M. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 99 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.242603899 DO - 10.1073/pnas.242603899 ID - Strausberg2002 ER - TY - CHAP AU - Pontius, J. U. AU - Wagner, L. AU - Schuler, G. D. PY - 2003 DA - 2003// TI - UniGene: a unified view of the transcriptome BT - The NCBI Handbook PB - Bethesda (MD) CY - National Center for Biotechnology Information ID - Pontius2003 ER - TY - JOUR AU - Van Duyne, G. D. AU - Standaert, R. F. AU - Karplus, P. A. AU - Schreiber, S. L. AU - Clardy, J. PY - 1993 DA - 1993// TI - Atomic structures of the human immunophilin FKBP-12 complexes with FK506 and rapamycin JO - J Mol Biol VL - 229 UR - https://doi.org/10.1006/jmbi.1993.1012 DO - 10.1006/jmbi.1993.1012 ID - Van Duyne1993 ER - TY - JOUR AU - Kabsch, W. PY - 1993 DA - 1993// TI - Automatic Processing of Rotation Diffraction Data from Crystals of Internally Unknown Symmetry and Cell Constants JO - J Appl Cryst VL - 26 UR - https://doi.org/10.1107/S0021889893005588 DO - 10.1107/S0021889893005588 ID - Kabsch1993 ER - TY - JOUR AU - Schneider, T. R. AU - Sheldrick, G. M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Substructure solution with SHELXD JO - Acta Crystallogr D Biol Crystallogr VL - 58 UR - https://doi.org/10.1107/S0907444902011678 DO - 10.1107/S0907444902011678 ID - Schneider2002 ER - TY - CHAP AU - de La Fortelle, E. AU - Bricogne, G. ED - Sweet, R. M. ED - Carter, C. W. PY - 1997 DA - 1997// TI - Maximum-Likelihood Heavy-Atom Parameter Refinement in the MIR and MAD Methods BT - Methods in Enzymology, Macromolecular Crystallography PB - New York CY - Academic Press UR - https://doi.org/10.1016/S0076-6879(97)76073-7 DO - 10.1016/S0076-6879(97)76073-7 ID - de La Fortelle1997 ER - TY - JOUR AU - Abrahams, J. P. AU - Leslie, A. W. G. PY - 1996 DA - 1996// TI - Methods used in structure determination of bovine mitochondrial F1 ATPase JO - Acta Cryst VL - D52 ID - Abrahams1996 ER - TY - JOUR AU - Collaborative Computational Project, N. PY - 1994 DA - 1994// TI - The CCP4 Suite: Programs for Protein Crystallography JO - Acta Cryst VL - D50 ID - Collaborative Computational Project1994 ER - TY - JOUR AU - Lamzin, V. S. AU - Perrakis, A. PY - 2000 DA - 2000// TI - Current state of automated crystallographic data analysis JO - Nat Struct Biol VL - 7 Suppl UR - https://doi.org/10.1038/80763 DO - 10.1038/80763 ID - Lamzin2000 ER - TY - JOUR AU - McRee, D. E. PY - 1999 DA - 1999// TI - XtalView/Xfit--A versatile program for manipulating atomic coordinates and electron density JO - J Struct Biol VL - 125 UR - https://doi.org/10.1006/jsbi.1999.4094 DO - 10.1006/jsbi.1999.4094 ID - McRee1999 ER - TY - JOUR AU - Murshudov, G. N. PY - 1997 DA - 1997// TI - Refinement of macromolecular structures by the maximum-likelihood method JO - Acta Crystallogr D Biol Crystallogr VL - 53 UR - https://doi.org/10.1107/S0907444996012255 DO - 10.1107/S0907444996012255 ID - Murshudov1997 ER - TY - JOUR AU - Laskowski, R. A. AU - MacArthur, M. W. AU - Moss, D. S. AU - Thornton, J. M. PY - 1993 DA - 1993// TI - PROCHECK: a program to check the stereochemical quality of protein structures. JO - J Appl Cryst VL - 26 UR - https://doi.org/10.1107/S0021889892009944 DO - 10.1107/S0021889892009944 ID - Laskowski1993 ER - TY - JOUR AU - Hooft, R. W. AU - Vriend, G. AU - Sander, C. AU - Abola, E. E. PY - 1996 DA - 1996// TI - Errors in protein structures JO - Nature VL - 381 UR - https://doi.org/10.1038/381272a0 DO - 10.1038/381272a0 ID - Hooft1996 ER - TY - JOUR AU - Kabsch, W. AU - Sander, C. PY - 1983 DA - 1983// TI - Dictionary of protein secondary structure: pattern recognition of hydrogen-bonded and geometrical features JO - Biopolymers VL - 22 UR - https://doi.org/10.1002/bip.360221211 DO - 10.1002/bip.360221211 ID - Kabsch1983 ER - TY - STD TI - DSSP[http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/dssp-simple.html] UR - http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/dssp-simple.html ID - ref33 ER - TY - STD TI - EMBL Dali: email server for 3-D protein structure database searches[http://www.ebi.ac.uk/dali/] UR - http://www.ebi.ac.uk/dali/ ID - ref34 ER - TY - JOUR AU - Harrison, A. AU - Pearl, F. AU - Sillitoe, I. AU - Slidel, T. AU - Mott, R. AU - Thornton, J. AU - Orengo, C. PY - 2003 DA - 2003// TI - Recognizing the fold of a protein structure JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg240 DO - 10.1093/bioinformatics/btg240 ID - Harrison2003 ER - TY - STD TI - GRATH Server[http://www.biochem.ucl.ac.uk/cgi-bin/cath/Grath.pl] UR - http://www.biochem.ucl.ac.uk/cgi-bin/cath/Grath.pl ID - ref36 ER - TY - JOUR AU - Taylor, W. R. AU - Orengo, C. A. PY - 1989 DA - 1989// TI - Protein structure alignment JO - J Mol Biol VL - 208 UR - https://doi.org/10.1016/0022-2836(89)90084-3 DO - 10.1016/0022-2836(89)90084-3 ID - Taylor1989 ER - TY - STD TI - SSAP Server[http://www.biochem.ucl.ac.uk/cgi-bin/cath/GetSsapRasmol.pl] UR - http://www.biochem.ucl.ac.uk/cgi-bin/cath/GetSsapRasmol.pl ID - ref38 ER - TY - STD TI - NCBI BLAST[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/] UR - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ ID - ref39 ER - TY - STD TI - GeneDoc HomePage[http://www.psc.edu/biomed/genedoc/] UR - http://www.psc.edu/biomed/genedoc/ ID - ref40 ER - TY - STD TI - PyMOL Home Page[http://pymol.sourceforge.net/] UR - http://pymol.sourceforge.net/ ID - ref41 ER - TY - STD TI - DeepView - Swiss PDB Viewer Home Page[http://www.expasy.org/spdbv/] UR - http://www.expasy.org/spdbv/ ID - ref42 ER - TY - JOUR AU - Guex, N. AU - Peitsch, M. C. PY - 1997 DA - 1997// TI - SWISS-MODEL and the Swiss-PdbViewer: an environment for comparative protein modeling JO - Electrophoresis VL - 18 UR - https://doi.org/10.1002/elps.1150181505 DO - 10.1002/elps.1150181505 ID - Guex1997 ER -