Skip to main content

Table 3 Occurrence matrix. Occurrence matrix for the amino acid combinations of trans and cis proline in the fixed position (i). The total number N total is the occurrence of an amino acid in all investigated sequence fragments. The number of the proline at the position (i) in the trans conformation is 14388 and in the cis conformation it is 1390. The absolute and relative occurrence of one amino acid is shown at all positions (rel and abs). The relative occurrence is the relation of the number of the amino acid at the position to the total number of all amino acid at this position.

From: Statistically significant dependence of the Xaa-Pro peptide bond conformation on secondary structure and amino acid sequence

    trans Pro cis Pro
    Position position
AA Total i-2 i-1 i+1 i+2 i-2 i-1 i+1 i+2
  abs rel abs rel abs rel abs rel abs rel abs rel abs rel abs rel abs rel
A: 4343 0.075 1024 0.071 1030 0.072 1169 0.081 1120 0.078 90 0.065 111 0.080 134 0.096 79 0.057
C: 810 0.014 204 0.014 256 0.018 166 0.012 184 0.013 38 0.027 25 0.018 24 0.017 33 0.024
D: 3565 0.062 818 0.057 972 0.068 956 0.066 819 0.057 57 0.041 59 0.042 52 0.037 83 0.060
E: 3604 0.063 799 0.056 685 0.048 1208 0.084 912 0.063 70 0.050 84 0.060 47 0.034 61 0.044
F: 2426 0.042 656 0.046 562 0.039 596 0.041 612 0.043 59 0.042 82 0.059 96 0.069 58 0.042
G: 4275 0.074 1202 0.084 824 0.057 1113 0.077 1136 0.079 112 0.081 154 0.111 112 0.081 106 0.076
H: 1418 0.025 323 0.022 418 0.029 313 0.022 364 0.025 32 0.023 29 0.021 40 0.029 32 0.023
I: 3178 0.055 780 0.054 915 0.064 711 0.049 772 0.054 68 0.049 38 0.027 54 0.039 62 0.045
K: 2804 0.049 654 0.045 745 0.052 703 0.049 702 0.049 76 0.055 66 0.047 57 0.041 70 0.050
L: 5279 0.092 1336 0.093 1423 0.099 1179 0.082 1341 0.093 96 0.069 90 0.065 134 0.096 96 0.069
M: 1131 0.020 292 0.020 272 0.019 263 0.018 304 0.021 35 0.025 21 0.015 22 0.016 28 0.020
N: 2683 0.047 684 0.048 816 0.057 608 0.042 575 0.040 65 0.047 79 0.057 56 0.040 70 0.050
P: 3121 0.054 896 0.062 687 0.048 691 0.048 847 0.059 98 0.071 82 0.059 78 0.056 149 0.107
Q: 2105 0.037 480 0.033 556 0.039 574 0.040 495 0.034 72 0.052 56 0.040 53 0.038 45 0.032
R: 2591 0.045 644 0.045 675 0.047 655 0.046 617 0.043 61 0.044 49 0.035 54 0.039 64 0.046
S: 3596 0.062 886 0.062 887 0.062 877 0.061 946 0.066 108 0.078 84 0.060 91 0.065 79 0.057
T: 3479 0.060 876 0.061 948 0.066 818 0.057 837 0.058 84 0.060 61 0.044 77 0.055 102 0.073
V: 4165 0.072 1021 0.071 1036 0.072 1073 0.075 1035 0.072 101 0.073 65 0.047 97 0.070 101 0.073
W: 815 0.014 221 0.015 169 0.012 206 0.014 219 0.015 18 0.013 44 0.032 23 0.017 19 0.014
Y: 2164 0.038 592 0.041 512 0.036 509 0.035 551 0.038 50 0.036 111 0.080 89 0.064 53 0.038