Antibody-protein interactions: benchmark datasets and prediction tools evaluation

BMC Structural Biology

Table 4 Overall performance of patch prediction and protein-protein docking methods

statistics	ProMate	PPI-PRED 1^st patch	PPI-PRED best patch	PatchDock 1^st model	PatchDock best model of 10	ClusPro (DOT) 1^st model	ClusPro (DOT) best model of 10	CEP	DiscoTope (-7.7)
sensitivity	0.091	0.153	0.331	0.300	0.425	0.258	0.453	0.310	0.416
1-specificity	0.083	0.161	0.135	0.135	0.114	0.079	0.067	0.223	0.214
PPV	0.101	0.083	0.188	0.175	0.262	0.235	0.390	0.110	0.155
accuracy	0.841	0.780	0.819	0.816	0.846	0.863	0.892	0.739	0.754
AUC	0.504	0.496	0.598	0.583	0.656	0.589	0.693	0.544	0.601
P-value	0.27	1.0	7.8E-30	9.0E-23	<1.0E-50	7.9E-34	<1.0E-50	4.3E-06	4.1E-25
Statistics averaged over epitopes
sensitivity	0.09 ± 0.17	0.15 ± 0.24	0.34 ± 0.32	0.27 ± 0.24	0.42 ± 0.29	0.25 ± 0.31	0.46 ± 0.28	0.34 ± 0.28	0.43 ± 0.31
1-specificity	0.08 ± 0.03	0.16 ± 0.07	0.14 ± 0.07	0.15 ± 0.06	0.13 ± 0.07	0.10 ± 0.07	0.08 ± 0.05	0.28 ± 0.20	0.22 ± 0.15
PPV	0.11 ± 0.20	0.10 ± 0.17	0.21 ± 0.24	0.18 ± 0.19	0.30 ± 0.25	0.25 ± 0.33	0.41 ± 0.29	0.11 ± 0.08	0.18 ± 0.12
accuracy	0.83 ± 0.05	0.77 ± 0.07	0.81 ± 0.08	0.80 ± 0.08	0.83 ± 0.09	0.84 ± 0.09	0.88 ± 0.07	0.69 ± 0.17	0.74 ± 0.12
AUC	0.51 ± 0.09	0.50 ± 0.13	0.60 ± 0.17	0.56 ± 0.11	0.64 ± 0.17	0.58 ± 0.17	0.69 ± 0.15	0.53 ± 0.08	0.60 ± 0.13

ISSN: 1472-6807