TY - JOUR AU - Matsushima, N. AU - Tanaka, T. AU - Enkhbayar, P. AU - Mikami, T. AU - Taga, M. AU - Yamada, K. AU - Kuroki, Y. PY - 2007 DA - 2007// TI - Comparative sequence analysis of leucine-rich repeats (LRRs) within vertebrate toll-like receptors JO - BMC Genomics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-8-124 DO - 10.1186/1471-2164-8-124 ID - Matsushima2007 ER - TY - JOUR AU - Dolan, J. AU - Walshe, K. AU - Alsbury, S. AU - Hokamp, K. AU - O'Keeffe, S. AU - Okafuji, T. AU - Miller, S. F. C. AU - Guy Tear, G. AU - Mitchell, K. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - The extracellular Leucine-Rich Repeat superfamily; a comparative survey and analysis of evolutionary relationships and expression patterns JO - BMC Genomics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-8-320 DO - 10.1186/1471-2164-8-320 ID - Dolan2007 ER - TY - JOUR AU - Kobe, B. AU - Deisenhofer, J. PY - 1993 DA - 1993// TI - Crystal structure of porcine ribonuclease inhibitor, a protein with leucine-rich repeats JO - Nature VL - 366 UR - https://doi.org/10.1038/366751a0 DO - 10.1038/366751a0 ID - Kobe1993 ER - TY - JOUR AU - Kobe, B. AU - Kajava, A. V. PY - 2001 DA - 2001// TI - The leucine-rich repeat as a protein recognition motif JO - Curr Opin Struct Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1016/S0959-440X(01)00266-4 DO - 10.1016/S0959-440X(01)00266-4 ID - Kobe2001 ER - TY - JOUR AU - Bell, J. K. AU - Mullen, G. E. AU - Leifer, C. A. AU - Mazzoni, A. AU - Davies, D. R. AU - Segal, D. M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Leucine-rich repeats and pathogen recognition in Toll-like receptors JO - Trends Immunol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1016/S1471-4906(03)00242-4 DO - 10.1016/S1471-4906(03)00242-4 ID - Bell2003 ER - TY - JOUR AU - Kajava, A. V. PY - 1998 DA - 1998// TI - Structural Diversity of Leucine-rich Repeat Proteins JO - J Mol Biol VL - 277 UR - https://doi.org/10.1006/jmbi.1998.1643 DO - 10.1006/jmbi.1998.1643 ID - Kajava1998 ER - TY - JOUR AU - Stumpp, M. T. AU - Forrer, P. AU - Binz, H. K. AU - Plckthun, A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Designing Repeat Proteins: Modular Leucine-richRepeat Protein Libraries Based on the Mammalian Ribonuclease Inhibitor Family JO - J Mol Biol VL - 332 UR - https://doi.org/10.1016/S0022-2836(03)00897-0 DO - 10.1016/S0022-2836(03)00897-0 ID - Stumpp2003 ER - TY - JOUR AU - Kubarenko, A. AU - Frank, M. AU - Weber, A. N. PY - 2007 DA - 2007// TI - Structure-function relationships of Toll-like receptor domains through homology modelling and molecular dynamics JO - Biochem Soc Trans VL - 35 UR - https://doi.org/10.1042/BST0351515 DO - 10.1042/BST0351515 ID - Kubarenko2007 ER - TY - JOUR AU - Rössle, S. C. AU - Bisch, P. M. AU - Lone, Y. C. AU - Abastado, J. P. AU - Kourilsky, P. AU - Bellio, M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Mutational analysis and molecular modeling of the binding of Staphylococcus aureus enterotoxin C2 to a murine T cell receptor Vbeta10 chain JO - Eur J Immunol VL - 32 UR - https://doi.org/3.0.CO;2-U DO - 3.0.CO;2-U ID - Rössle2002 ER - TY - JOUR AU - Hazai, E. AU - Bikádi, Z. PY - 2008 DA - 2008// TI - Homology modeling of breast cancer resistance protein (ABCG2) JO - J Struct Biol VL - 162 UR - https://doi.org/10.1016/j.jsb.2007.12.001 DO - 10.1016/j.jsb.2007.12.001 ID - Hazai2008 ER - TY - JOUR AU - Berman, H. M. AU - Westbrook, J. AU - Feng, Z. AU - Gilliland, G. AU - Bhat, T. N. AU - Weissig, H. AU - Shindyalov, I. N. AU - Bourne, P. E. PY - 2000 DA - 2000// TI - The Protein Data Bank JO - Nucleic Acids Res VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/nar/28.1.235 DO - 10.1093/nar/28.1.235 ID - Berman2000 ER - TY - JOUR AU - Matsushima, N. AU - Kamiya, M. AU - Suzuki, N. AU - Tanaka, T. PY - 2000 DA - 2000// TI - Super-Motifs of Leucine-Rich Repeats (LRRs) Proteins JO - Genome Inform VL - 11 ID - Matsushima2000 ER - TY - JOUR AU - Finn, R. D. AU - Tate, J. AU - Mistry, J. AU - Coggill, P. C. AU - Sammut, J. S. AU - Hotz, H. R. AU - Ceric, G. AU - Forslund, K. AU - Eddy, S. R. AU - Sonnhammer, E. L. AU - Bateman, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - The Pfam protein families database JO - Nucleic Acids Res VL - 36 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm960 DO - 10.1093/nar/gkm960 ID - Finn2008 ER - TY - JOUR AU - Mulder, N. J. AU - Apweiler, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - InterPro and InterProScan: tools for protein sequence classification and comparison JO - Methods Mol Biol VL - 396 UR - https://doi.org/10.1007/978-1-59745-515-2_5 DO - 10.1007/978-1-59745-515-2_5 ID - Mulder2007 ER - TY - JOUR AU - Schultz, J. AU - Copley, R. R. AU - Doerks, T. AU - Ponting, C. P. AU - Bork, P. PY - 2000 DA - 2000// TI - SMART: a web-based tool for the study of genetically mobile domains JO - Nucleic Acids Res VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/nar/28.1.231 DO - 10.1093/nar/28.1.231 ID - Schultz2000 ER - TY - JOUR AU - Wu, C. H. AU - Apweiler, R. AU - Bairoch, A. AU - Natale, D. A. AU - Barker, W. C. AU - Boeckmann, B. AU - Ferro, S. AU - Gasteiger, E. AU - Huang, H. AU - Lopez, R. AU - Magrane, M. AU - Martin, M. J. AU - Mazumder, R. AU - O'Donovan, C. AU - Redaschi, N. AU - Suzek, B. PY - 2006 DA - 2006// TI - The Universal Protein Resource (UniProt): an expanding universe of protein information JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkj161 DO - 10.1093/nar/gkj161 ID - Wu2006 ER - TY - JOUR AU - Heida, N. AU - Hasegawa, Y. AU - Mochizuki, Y. AU - Hirosawa, K. AU - Konagaya, A. AU - Toyoda, T. PY - 2004 DA - 2004// TI - TraitMap: an XML-based genetic-map database combining multigenic loci and biomolecular networks JO - Bioinformatics VL - 20 Suppl 1 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth940 DO - 10.1093/bioinformatics/bth940 ID - Heida2004 ER - TY - JOUR AU - Kunz, H. AU - Derz, C. AU - Tolxdorff, T. AU - Bernarding, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - XML knowledge database of MRI-derived eye models JO - Comput Methods Programs Biomed VL - 73 UR - https://doi.org/10.1016/S0169-2607(03)00068-3 DO - 10.1016/S0169-2607(03)00068-3 ID - Kunz2004 ER - TY - JOUR AU - Jiang, K. AU - Nash, C. PY - 2006 DA - 2006// TI - Application of XML database technology to biological pathway datasets JO - Conf Proc IEEE Eng Med Biol Soc VL - 1 UR - https://doi.org/10.1109/IEMBS.2006.259850 DO - 10.1109/IEMBS.2006.259850 ID - Jiang2006 ER - TY - STD TI - eXist-db: an open source database management system[http://exist-db.org] UR - http://exist-db.org ID - ref20 ER - TY - STD TI - The World Wide Web Consortium[http://www.w3.org] UR - http://www.w3.org ID - ref21 ER - TY - JOUR AU - Kabsch, W. AU - Sander, C. PY - 1983 DA - 1983// TI - Dictionary of protein secondary structure: pattern recognition of hydrogen-bonded and geometrical features JO - Biopolymers VL - 22 UR - https://doi.org/10.1002/bip.360221211 DO - 10.1002/bip.360221211 ID - Kabsch1983 ER - TY - STD TI - Jmol: an open-source Java viewer for chemical structures in 3D[http://www.jmol.org] UR - http://www.jmol.org ID - ref23 ER - TY - JOUR AU - Fiser, A. AU - Do, R. K. AU - Sali, A. PY - 2000 DA - 2000// TI - Modeling of loops in protein structures JO - Protein Sci VL - 9 UR - https://doi.org/10.1110/ps.9.9.1753 DO - 10.1110/ps.9.9.1753 ID - Fiser2000 ER - TY - JOUR AU - Laskowski, R. A. AU - MacArthur, M. W. AU - Moss, D. S. AU - Thornton, J. M. PY - 1993 DA - 1993// TI - PROCHECK: a program to check the stereochemical quality of protein structures JO - J Appl Cryst VL - 26 UR - https://doi.org/10.1107/S0021889892009944 DO - 10.1107/S0021889892009944 ID - Laskowski1993 ER - TY - JOUR AU - Liu, L. AU - Botos, I. AU - Wang, Y. AU - Leonard, J. N. AU - Shiloach, J. AU - Segal, D. M. AU - Davies, D. R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Structral basis of Toll-like receptor 3 signaling with double-stranded RNA JO - Science VL - 320 UR - https://doi.org/10.1126/science.1155406 DO - 10.1126/science.1155406 ID - Liu2008 ER - TY - JOUR AU - Maiti, R. AU - Van Domselaar, G. H. AU - Zhang, H. AU - Wishart, D. S. PY - 2004 DA - 2004// TI - SuperPose: a simple server for sophisticated structural superposition JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh477 DO - 10.1093/nar/gkh477 ID - Maiti2004 ER -