Table 3 ΔRMSD according to several scoring functions on the set of model/target decoys.
Target set | DOPE | GA341 | Prosa2003 | DFIRE |
| ZEmin |
|---|---|---|---|---|---|---|
fisa_casp3 | ||||||
1eh2 | 6,06 | 4,64 | 1,64 | 4,93 | 4,13 | 4,93 |
1bg8-A | 7,84 | 7,28 | 7,28 | 3,58 | 5,72 | 3,58 |
1jwe | 6,30 | 10,62 | 9,75 | 8,10 | 9,52 | 8,10 |
1bl0 | 4,10 | 2,24 | 2,24 | 7,10 | 4,45 | 7,10 |
smd3 | 4,35 | 6,44 | 5,08 | 5,12 | 5,32 | 4,47 |
Average | 5,73 | 6,25 | 5,20 | 5,76 | 5,83 | 5,63 |
lmds | ||||||
1dtk | 5,46 | 4,75 | 4,59 | 4,59 | 4,89 | 2,90 |
1igd | 7,64 | 1,63 | 4,28 | 5,61 | 4,50 | 5,61 |
2cro | 8,68 | 8,95 | 6,14 | 10,01 | 5,93 | 9,48 |
smd3 | 4,35 | 4,52 | 2,68 | 5,52 | 2,50 | 5,52 |
1ctf | 9,41 | 7,65 | 7,52 | 7,37 | 6,67 | 7,37 |
1fc2 | 0,26 | 0,51 | 1,00 | 0,07 | 1,51 | 0,07 |
1shf-A | 5,83 | 5,16 | 3,06 | 6,91 | 5,24 | 6,91 |
4pti | 5,64 | 5,72 | 9,91 | 4,61 | 9,54 | 4,61 |
2ovo | 6,92 | 3,49 | 6,45 | 5,70 | 7,26 | 5,70 |
1b0n-B | 1,60 | 2,20 | 0,61 | 0,50 | 1,76 | 0,50 |
1bba | 1,89 | 0,87 | 0,59 | 3,29 | 2,00 | 1,92 |
Average | 5,24 | 4,13 | 4,26 | 4,92 | 4,71 | 4,60 |
4state_reduced | ||||||
1sn3 | 1,69 | 0,90 | 4,09 | 4,71 | 6,05 | 0,90 |
1r69 | 2,55 | 0,80 | 0,79 | 0,95 | 2,29 | 0,79 |
4pti | 0,82 | 5,53 | 0,07 | 0,07 | 1,18 | 2,80 |
2cro | 2,46 | 1,24 | 0,29 | 1,24 | 0,53 | 0,53 |
1ctf | 0,33 | 0,60 | 0,50 | 2,93 | 1,02 | 1,02 |
3icb | 1,86 | 1,51 | 0,93 | 0,11 | 0,05 | 0,11 |
4rxn | 0,46 | 3,52 | 0,75 | 0,70 | 0,68 | 0,70 |
Average | 1,45 | 2,01 | 1,06 | 1,53 | 1,69 | 0,98 |
MOULDER | ||||||
1onc | 1,16 | 0,72 | 0,60 | 0,40 | 0,40 | 0,40 |
1dxt | 3,97 | 0,00 | 0,55 | 1,11 | 0,00 | 0,55 |
1eaf | 0,34 | 1,72 | 1,72 | 0,47 | 0,99 | 0,47 |
1lga | 0,82 | 5,89 | 5,89 | 0,80 | 0,00 | 0,80 |
1gky | 0,57 | 0,34 | 0,57 | 0,57 | 0,62 | 0,57 |
1cau | 3,89 | 1,95 | 0,42 | 0,42 | 0,07 | 0,42 |
4sbv | 0,00 | 5,57 | 0,00 | 0,00 | 6,43 | 0,00 |
8i1b | 0,38 | 0,42 | 0,39 | 0,50 | 0,36 | 1,04 |
2mta | 0,31 | 0,57 | 0,21 | 0,63 | 0,32 | 0,63 |
2cmd | 0,38 | 2,22 | 0,58 | 0,23 | 0,74 | 0,84 |
2fbj | 0,26 | 2,80 | 0,32 | 0,91 | 0,51 | 0,91 |
1cew | 2,06 | 2,73 | 2,73 | 3,47 | 3,73 | 3,47 |
2afn | 0,71 | 0,75 | 0,68 | 0,12 | 0,50 | 0,12 |
2sim | 1,21 | 0,42 | 0,46 | 0,16 | 1,13 | 0,16 |
1bbh | 0,88 | 0,11 | 0,16 | 0,00 | 0,31 | 0,00 |
1mdc | 0,03 | 0,74 | 6,85 | 0,16 | 0,00 | 0,16 |
1mup | 0,53 | 0,17 | 0,67 | 0,67 | 0,32 | 0,46 |
2pna | 0,26 | 0,60 | 0,42 | 0,24 | 0,26 | 0,24 |
1cid | 1,15 | 1,15 | 1,15 | 0,08 | 1,15 | 1,15 |
1c2r | 3,42 | 0,00 | 0,85 | 0,00 | 0,00 | 0,15 |
Average | 1,12 | 1,44 | 1,26 | 0,55 | 0,89 | 0,63 |
- In the first column it is shown the code of the target protein used to generate the set of decoys. Next columns show the ΔRMSD for DOPE, GA
341
, Prosa2003, DFIRE,
, ZE
min
scoring functions. The set of decoys is split in groups: MOULDER, 4state_reduced, fisa_casp3, and lmds.