Skip to main content

Table 1 Residues involved in salt-bridge interactions. Residues that are capable to form a salt bridge in the periplasmic regions of hpUreI system. This information are show for every chain in all the three pH simulated

From: Variations in periplasmic loop interactions determine the pH-dependent activity of the hexameric urea transporter UreI from Helicobacter pylori: a molecular dynamics study

 

Chain A

Chain B

Chain C

Chain D

Chain E

Chain F

pH 2.0

E60 – H71

E60 – H71

E60 – H54

D126 – H131

E60 – H71

E60 – H71

 

D129 – K132

D130 – H70_F

D126 – K132

D130 – H70_E

D130 – H70_C

D130 – H131

 

D130 – H131

E138 – H131

D129 – H131

D140 – H123

D130 – H131

E138 – K132

 

D130 – H70_B

 

D129 – K132

 

D140 – H131

 
     

D140 – H123

 

pH 6.0

E60 – H193

E60 – H71_A

E60 – H71

E60 – H70_F

E60 – H71

E60 – H71

 

E60 – H131_C

E60 – H193_A

E60 – H54_A

E60 – H54

E60 – H193_D

E63 – K132_B

 

E60 – H70_C

E60 – H70_A

E63 – H193_E

E60 – H71

D64 – H70

E63 – H71

 

D126 – H131_C

E63 – H70

D64 – H70

D64 – H71

E63 – H70_D

E63 – H193_B

 

D126 – H193_C

D126 – H70

D129 – H71

E63 – H193_F

E63 – H131_D

D64 – H71

 

D129 – K132

D129 – H70

D130 – H193

E63 – H70

D129 – K132

D126 – H123

 

D130 – H193

D129 – H71

D130 – H131

E63 – H71

D130 – K132

D129 – H131

 

D130 – H70

D130 – H193

D130 – H70

D126 – H123

D130 – H71

D129 – K132

 

D130 – H131

D130 – K132

 

D126 – H71

D130 – H131

D129 – H70

 

D130 – H71

D140 – H131

 

D130 – H131

D140 – H123

D130 – H131

 

E138 – H123

D140 – H123

 

E138 – K132

D140 – H131

E138 – K132

 

D140 – K132

  

D140 – H123

  

pH 7.4

------

D130 – K132

E138 – K132

D130 – K132

E63 – K132

D130 – K132

     

E138 – K132