Skip to main content

Table 1 Residues involved in salt-bridge interactions. Residues that are capable to form a salt bridge in the periplasmic regions of hpUreI system. This information are show for every chain in all the three pH simulated

From: Variations in periplasmic loop interactions determine the pH-dependent activity of the hexameric urea transporter UreI from Helicobacter pylori: a molecular dynamics study

  Chain A Chain B Chain C Chain D Chain E Chain F
pH 2.0 E60 – H71 E60 – H71 E60 – H54 D126 – H131 E60 – H71 E60 – H71
  D129 – K132 D130 – H70_F D126 – K132 D130 – H70_E D130 – H70_C D130 – H131
  D130 – H131 E138 – H131 D129 – H131 D140 – H123 D130 – H131 E138 – K132
  D130 – H70_B   D129 – K132   D140 – H131  
      D140 – H123  
pH 6.0 E60 – H193 E60 – H71_A E60 – H71 E60 – H70_F E60 – H71 E60 – H71
  E60 – H131_C E60 – H193_A E60 – H54_A E60 – H54 E60 – H193_D E63 – K132_B
  E60 – H70_C E60 – H70_A E63 – H193_E E60 – H71 D64 – H70 E63 – H71
  D126 – H131_C E63 – H70 D64 – H70 D64 – H71 E63 – H70_D E63 – H193_B
  D126 – H193_C D126 – H70 D129 – H71 E63 – H193_F E63 – H131_D D64 – H71
  D129 – K132 D129 – H70 D130 – H193 E63 – H70 D129 – K132 D126 – H123
  D130 – H193 D129 – H71 D130 – H131 E63 – H71 D130 – K132 D129 – H131
  D130 – H70 D130 – H193 D130 – H70 D126 – H123 D130 – H71 D129 – K132
  D130 – H131 D130 – K132   D126 – H71 D130 – H131 D129 – H70
  D130 – H71 D140 – H131   D130 – H131 D140 – H123 D130 – H131
  E138 – H123 D140 – H123   E138 – K132 D140 – H131 E138 – K132
  D140 – K132    D140 – H123   
pH 7.4 ------ D130 – K132 E138 – K132 D130 – K132 E63 – K132 D130 – K132
      E138 – K132