Antibody-protein interactions: benchmark datasets and prediction tools evaluation

Ponomarenko, Julia V; Bourne, Philip E

doi:10.1186/1472-6807-7-64

BMC Structural Biology

Table 2 Results for representative epitope prediction by patch and protein docking methods

From: Antibody-protein interactions: benchmark datasets and prediction tools evaluation

				ProMate		PPI-PRED (1^st patch)		PPI-PRED (best patch)		PatchDock 1^st model		PatchDock best model of 10			ClusPro (DOT) 1^st model		ClusPro (DOT) best model of 10			CEP			DiscoTope (-7.7)
antigen	epitope	antigen size	epitope size	sensitivity	ppv	sensitivity	ppv	sensitivity	ppv	sensitivity	ppv	Model #	sensitivity	ppv	sensitivity	ppv	Model#	sensitivity	ppv	N predictions	sensitivity	ppv	Sensitivity	ppv	Is in training set?&
2ADF:A	2adf_A_HL	196	15	0	0	0.8	0.67	0.8	0.67	0	0	4	0.4	0.29	0.67	0.5	1	0.67	0.5	7	0.27	0.14	0.07	0.11	-
2ADF:A	1fe8_B_IM	196	20	0	0	0.3	0.33	0.3	0.33	0	0	2	0.4	0.38	0.63	0.57	1	0.63	0.57	7	0.32	0.22	0.15	0.33	*
1AFV:A	1afv_A_HL	151	14	0	0	0.57	0.15	0.57	0.15	0.43	0.25	1	0.43	0.25	0	0	1	0	0	6	0.46	0.18	0.43	0.1	-
1BGX:T	1bgx_T_HL	832	52	0	0	0.02	0.01	0.33	0.11	0.79	0.77	1	0.79	0.77	NA		NA			17	0.08	0.1	0.37	0.16	-
1E6J:P	1e6j_P_HL	210	12	0	0	0.08	0.03	1	0.41	0	0	9	0.42	0.24	0	0	7	0.42	0.26	5	0.33	0.08	0	0	-
1EGJ:A	1egj_A_HL	101	11	0.27	0.27	0.64	0.44	0.64	0.44	0.27	0.11	1	0.27	0.11	0.73	0.8	1	0.73	0.8	1	1	0.13	0.91	0.16	*
1FSK:A	1fsk_A_CB	159	17	0	0	0.59	0.17	0.59	0.17	0.59	0.31	1	0.59	0.31	0	0	8	0.47	0.47	6	0.12	0.11	0.76	0.22	*
1H0D:C	1h0d_C_BA	123	17	0.65	0.85	0.06	0.05	0.59	1	0	0	10	0.53	0.5	0.59	0.56	1	0.59	0.56	5	0.44	0.16	0.35	0.13	*
1I9R:A	1i9r_A_HL	146	18	0	0	0	0	0	0	0.17	0.14	3	0.78	0.61	0.11	0.14	5	0.44	0.33	7	0.11	0.1	0.17	0.23	-
1IQD:C	1iqd_C_BA	156	16	0.19	0.23	0	0	0	0	0.31	0.14	5	0.94	0.83	0.38	0.32	1	0.38	0.32	5	0.07	0.04	0.56	0.3	*
1JRH:I	1jrh_I_HL	108	15	0.07	0.1	0.67	0.56	0.67	0.56	0.53	0.31	1	0.53	0.31	0.47	0.78	1	0.47	0.78	1	0.73	0.15	0.6	0.26	-
1LK3:A	1lk3_A_HL	160	18	0	0	0	0	0	0	0.11	0.1	2	0.67	0.57	0.22	0.27	5	0.56	0.62	5	0.17	0.14	0.61	0.32	*
1MHP:B	1mhp_B_XY	192	19	0	0	0	0	0.47	0.33	0.74	0.61	1	0.74	0.61	0.68	0.76	1	0.68	0.76	2	0.11	0.13	0.53	0.27	-
1NL0:G	1nl0_G_HL	51	7	0	0	0	0	0	0	0.29	0.25	1	0.29	0.25	0.2	0.07	2	1	0.5	1	0.71	0.42	0.57	0.33	-
1NSN:S	1nsn_S_HL	149	18	0	0	0	0	0.39	0.33	0.5	0.45	1	0.5	0.45	0	0	4	0.28	0.28	3	0.06	0.03	0.39	0.14	-
1OAZ:A	1oaz_A_HL	123	17	0.35	0.5	0.59	0.32	0.59	0.32	0.65	0.46	1	0.65	0.46	0.82	0.82	1	0.82	0.82	5	0.59	0.23	0.29	0.2	*
1ORQ:C	1orq_C_BA	223	14	0	0	0	0	0.5	0.14	0	0	7	0.5	0.26	0.29	0.33	1	0.29	0.33	6	0.54	0.09	0	0	-
1ORS:C	1ors_C_BA	132	10	0.6	0.46	0	0	0.7	0.3	0.2	0.08	4	0.6	0.24	0.4	0.24	1	0.4	0.24	4	0.78	0.11	0	0	*
1PKQ:E	1pkq_E_BA	139	17	0.35	0.5	0.3	0.31	0.3	0.31	0.35	0.21	3	0.65	0.55	0.06	0.06	8	0.29	0.29	8	0.44	0.15	0.47	0.24	-
1RJL:C	1rjl_C_BA	95	13	0	0	0	0	0	0	0.31	0.19	6	0.69	0.39	0	0	1	0	0	5	0.58	0.14	0.54	0.23	-
1SY6:A	1sy6_A_HL	204	11	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	3	0.45	0.24	8	0.3	0.1	0.91	0.14	-
1TZI:V	1tzi_V_BA	102	4	0	0	0	0	0.75	0.3	0	0	1	0	0	0.5	0.09	6	0.75	0.14	3	1	0.05	0.5	0.05	-
1WEJ:F	1wej_F_HL	105	11	0	0	0	0	0	0	0.18	0.11	4	0.73	0.44	0.45	0.36	1	0.45	0.36	5	0.1	0.03	0.45	0.09	-
1YJD:C	1yjd_C_HL	140	14	0.14	0.17	0.5	0.64	0.5	0.64	0.57	0.36	1	0.57	0.36	0	0	4	0.64	0.32	6	0.36	0.11	0.21	0.16	-
1YNT:F	1ynt_F_BA	254	19	0	0	0	0	0.79	0.58	0	0	1	0	0	0.74	0.88	1	0.74	0.88	16	0.11	0.1	0	0	-
1YY9:A	1yy9_A_DC	624	20	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	NA		NA			22	0	0	0.2	0.07	-
1ZA3:R	1za3_R_HL	134	15	0.13	0.2	0.47	0.41	0.47	0.41	0.73	0.39	1	0.73	0.39	0	0	2	1	0.88	5	0.57	0.2	0.13	0.25	-
1ZTX:E	1ztx_E_HL	108	16	0.06	0.09	0	0	0	0	0.38	0.24	3	0.44	0.37	0	0	3	0.56	0.45	1	0.75	0.16	0.19	0.21	-
2JEL:P	2jel_P_HL	85	15	0	0	0	0	0	0	0	0	3	0.4	0.38	0	0	5	0.47	0.37	5	0.43	0.14	0.07	0.2	-
1A14:N	1a14_N_HL	388	17	0	0	0	0	0.35	0.18	0.18	0.12	6	0.47	0.33	0	0	1	0	0	11	0	0	0.76	0.2	*
1A14:N	1nca_N_HL	388	21	0	0	0	0	0.52	0.33	0	0	4	1	0.81	0	0	5	0.86	0.86	11	0	0	0.62	0.2	*
1RJC:B	1bvk_C_BA	129	17	0	0	0.12	0.09	0.47	0.47	0.06	0.05	1	0.06	0.05	0	0	3	0.76	0.65	3	0.24	0.1	0.29	0.23	*
1RJC:B	1jhl_A_HL	129	11	0	0	0.27	0.13	0.27	0.13	0	0	2	0.82	0.36	0	0	5	0.45	0.33	3	0.1	0.03	0.27	0.14	*
1RJC:B	1ndg_C_BA	129	21	0.29	0.46	0.38	0.35	0.38	0.35	0.57	0.55	1	0.57	0.55	0	0	2	0.33	0.33	3	0.43	0.23	0.33	0.32	*
1RJC:B	1p2c_C_BA	129	18	0.11	0.15	0.17	0.13	0.17	0.13	0.28	0.25	9	0.33	0.33	0.17	0.21	2	0.67	0.6	3	0.56	0.26	0.5	0.41	*
1JPS:T	1jps_T_HL	219	21	0.05	0.1	0.14	0.09	0.14	0.09	0.05	0.04	2	0.57	0.32	0.86	0.9	1	0.86	0.9	7	0.25	0.13	0.33	0.19	*
1AR1:B	1ar1_B_CD	298	16	0	0	0.06	0.03	0.06	0.03	0.06	0.04	1	0.06	0.04	0	0	1	0	0	12	0.13	0.05	0	0	*
1EO8:A	1eo8_A_HL	328	15	0	0	0	0	0.87	0.23	0	0	1	0	0	0	0	1	0	0	14	0.07	0.03	0	0	*
1EO8:A	1ken_A_HL	328	16	0	0	0.69	0.23	0.69	0.23	0	0	1	0	0	0	0	1	0	0	14	0.13	0.06	0.56	0.13	-
1EO8:A	1qfu_A_HL	328	19	0	0	0	0	0.84	0.29	0	0	7	0.21	0.17	0	0	3	0.21	0.27	14	0.11	0.05	0.11	0.03	*
1EO8:A	2vit_C_BA	328	18	0	0	0.33	0.13	0.33	0.13	0.22	0.02	2	1	0.1	0	0	10	0.22	0.33	14	0.18	0.08	0.17	0.04	-
1EZV:E	1ezv_E_XY	185	17	0	0	0	0	0	0	0.18	0.09	7	0.53	0.53	0	0	1	0	0	7	0.31	0.07	1	0.29	*
1OSP:O	1osp_O_HL	257	19	0	0	0.05	0.02	0.05	0.02	0	0	4	0.63	0.31	0	0	1	0	0	14	0.17	0.07	0.53	0.17	*
1OSP:O	1fj1_F_BA	257	17	0	0	0	0	0.71	0.24	0	0	5	0.59	0.3	0.29	0.56	1	0.29	0.56	14	0.25	0.09	0.47	0.14	*
1FNS:A	1fns_A_HL	196	12	0	0	0	0	0	0	0.17	0.07	6	0.42	0.21	0	0	8	0.33	0.22	7	0	0	0.67	0.3	*
1G9M:G	1g9m_G_HL	321	12	0	0	0.67	0.12	0.67	0.12	0.08	0.02	2	0.33	0.1	0.5	0.29	1	0.5	0.29	14	0.18	0.05	0.08	0.01	*
1G9M:G	2b4c_G_HL	321	17	0	0	0.75	0.13	0.75	0.13	0.71	0.21	1	0.71	0.21	0.29	0.21	1	0.29	0.21	14	0.09	0.03	0.08	0.01	-
1R3J:C	1r3j_C_BA	124	13	0	0	0	0	0	0	0.31	0.15	5	0.85	0.85	0.85	0.92	1	0.85	0.92	4	0.42	0.11	0.08	0.09	*
1N8Z:C	1n8z_C_BA	607	17	0.24	0.07	0.3	0.38	0.3	0.38	0.24	0.09	1	0.24	0.09	NA		NA			18	0.18	0.1	0.12	0.05	*
1N8Z:C	1s78_B_FE	607	23	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	NA		NA			18	0.05	0.03	0.22	0.12	-
1NFD:D	1nfd_D_HG	239	13	0	0	0	0	0.92	0.32	0.15	0.06	1	0.15	0.06	0	0	5	0.31	0.18	13	0.25	0.08	0.77	0.16	*
1TQB:A	1tqb_A_BC	102	18	0	0	0.28	0.29	0.67	0.57	0.56	0.53	1	0.56	0.53	0.17	0.2	3	0.5	0.53	2	0.11	0.08	0.78	0.21	*
1TXV:A	1txv_A_HL	452	19	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	7	0.53	0.53	18	0.11	0.06	0.53	0.17	*
1V7M:V	1v7m_V_HL	163	17	0	0	0	0	0.35	0.32	0.41	0.39	1	0.41	0.39	0.35	0.38	1	0.35	0.38	6	0.31	0.15	0.06	0.11	-
1XIW:A	1xiw_A_DC	105	18	0	0	0	0	0	0	1	0.86	1	1	0.86	0.83	0.79	1	0.83	0.79	26	0	0	0.88	0.43	-
1XIW:F	1xiw_F_DC	79	10	0.1	0.14	0	0	0	0	0.1	0.05	8	0.6	0.32	0.1	0.07	1	0.1	0.07	26	0	0	0.4	0.44	-
1Z3G:A	1z3g_A_HL	186	19	0.12	0.11	0.35	0.17	0.35	0.17	0.53	0.3	1	0.53	0.3	0	0	8	0.26	0.25	10	0.25	0.11	0.35	0.35	-
2AEP:A	2aep_A_HL	395	21	0	0	0	0	0.48	0.3	0	0	1	0	0	0.05	0.05	1	0.05	0.05	18	0.1	0.07	0.14	0.05	-
1R0A:B	1r0a_B_HL	429	11			0.73	0.08	0.73	0.08	0.36	0.15	1	0.36	0.15	0	0	1	0	0	10	0	0	1	0.06	*

'NA' means that results for the protein were not obtained.
Significant predictions (p ≤ 0.05) are shown in bold.
& – Epitopes used in the DiscoTope training set are indicated by an asterisk; those not used in the training set are indicated by a hyphen.

Back to article page

ISSN: 1472-6807

Contact us

General enquiries: ORSupport@springernature.com