Skip to main content

Advertisement

Table 2 Dataset used for intradomain contact predictions.

From: Analysis of the impact of solvent on contacts prediction in proteins

PFAM ID PDB IDa R (Å) Nb % idc Ld Ran acce Accf Rg Opt αh Xd dryi OptXd αj Xd wet|opt αk
PF00014 6PTI 1.70 151 33 52 0.096 0.346 3.61 1 9.37 1 11.16
PF03705 1AF7 2.00 85 20 57 0.081 0.241 2.65 0.5, 4, 10 6.14 2 7.63
PF00062 5LYZ 2.00 22 46 127 0.043 0.078 1.91 0, 0.5 2.68 0 2.68
PF00018 1BU1 2.60 61 28 56 0.088 0.357 4.06 0.5 12.99 0 12.99
PF03900 1PDA 1.76 21 25 74 0.062 0.237 3.82 2 9.18 0.2 9.99
PF00034 1CTJ 1.10 35 17 89 0.061 0.250 4.10 1 9.13 0.1 10.34
PF01568 1DMR 1.82 88 18 113 0.044 0.050 1.14 0.2, 0.5 10.62 2 12.53
PF00127 8PAZ 1.60 31 29 89 0.055 0.102 1.85 2 0.50 1 4.82
PF01814 2MHR 1.30 295 12 49 0.098 0.400 4.08 0.5, 2 8.39 2 13.14
PF00017 1BMB 1.80 59 28 93 0.058 0.212 3.66 0 – 0.5 5.98 1 8.37
PF01320 1AYI 2.00 45 47 86 0.056 0.233 4.15 0.2 16.04 0 16.04
PF08666 1AME 1.65 171 14 66 0.074 0.273 3.69 0 10.25 0 10.25
PF01337 1A19 2.76 30 25 89 0.065 0.178 2.87 0, 0.1 4.55 0.1 4.72
PF00595 2HB2 2.30 56 19 85 0.062 0.233 3.75 0.5 – 2 10.16 1 11.67
PF00531 1WMG 2.10 92 14 82 0.066 0.250 3.79 0 – 0.5 7.67 0.2 7.95
PF00397 1EG3 2.00 73 32 30 0.143 0.467 3.26 2 – 20 6.59 2 8.81
PF01335 2F1S 1.40 40 21 76 0.072 0.237 3.88 0.1, 0.2 5.66 0.2 5.96
PF00619 1CY5 1.30 61 16 85 0.066 0.209 3.43 0.2 – 2 5.09 2 9.42
PF02213 1SYX 2.35 112 28 58 0.083 0.241 2.91 0.5 – 2 7.37 0.5 7.77
PF05743 1UZX 1.85 28 27 118 0.035 0.068 1.98 0.1 7.22 0 7.22
PF00536 1B4F 1.95 69 28 74 0.076 0.395 5.19 0.2 – 2 15.53 2 16.36
PF03114 1ZWW 2.30 29 19 195 0.021 0.074 3.53 0.2 2.41 20 3.99
PF00169 1NTY 1.70 139 10 112 0.050 0.071 1.43 0, 0.2, 0.5 5.46 2 7.53
PF08416 1WVH 1.50 49 28 132 0.040 0.106 2.65 2, 4 0.53 0.1 1.24
PF01981 1WN2 1.20 69 43 116 0.049 0.172 3.52 0.1 – 0.5 7.63 20 12.38
PF03992 1XBW 1.90 116 15 65 0.068 0.125 1.84 0.5 3.34 0 3.34
PF00907 1H6F 1.70 23 49 183 0.032 0.033 1.03 0 – 20 3.30 2 6.03
PF02237 1WPY 1.60 47 21 48 0.094 0.167 1.77 0.5 – 2 -2.83 0.5 0.22
PF08031 2AXR 1.98 64 34 34 0.135 0.235 1.74 0.1, 0.2 -0.05 2 3.37
PF02861 1K6K 1.80 165 21 51 0.098 0.440 4.49 1, 4, 10, 20 9.55 20 13.21
PF02834 1VGJ 1.94 106 14 85 0.048 0.119 2.48 4 – 20 -0.51 4, 10 3.21
PF01423 1KQ1 1.55 128 23 60 0.079 0.167 2.11 0.2, 0.5 5.78 0.1, 0.2 7.14
PF01472 1AS0 1.80 106 24 78 0.058 0.128 2.21 1 – 20 3.57 2, 4 11.45
PF01909 1NO5 1.80 119 14 91 0.059 0.133 2.26 0.1 – 1 4.97 0.2 6.01
PF09261 1R34 1.95 79 31 78 0.069 0.205 2.97 0.1, 0.2 4.87 0.1 6.64
PF01315 1VLB 1.28 28 19 117 0.041 0.207 5.05 1, 2 7.70 2 10.28
PF04545 1KU3 1.80 128 31 54 0.096 0.370 3.86 0, 0.1, 1, 10, 20 12.37 10, 20 12.76
PF00984 1MV8 1.55 24 17 98 0.048 0.184 3.83 0.5 – 20 8.27 0.2 9.78
PF01658 1U1I 1.90 20 31 105 0.049 0.096 1.96 0.1 – 20 1.93 0.5 6.28
PF00745 1GPJ 1.95 34 23 99 0.048 0.100 2.08 0.1 – 0.5 3.17 0.1 4.17
PF03099 1WNL 1.60 65 14 117 0.043 0.121 2.81 0 13.7 0.2 14.20
PF01985 1JO0 1.37 50 23 84 0.064 0.167 2.60 0 – 0.2 6.96 0 6.96
PF08436 1Q0Q 1.90 77 57 94 0.049 0.213 4.34 0 – 0.1 6.91 10 10.15
PF02881 1JPN 1.90 52 19 85 0.063 0.119 1.89 0 – 20 3.94 2 5.78
PF01966 1YNB 1.76 158 12 91 0.057 0.333 5.85 0 – 0.2 -0.79 2 2.20
PF00191 1YII 1.42 178 28 66 0.076 0.273 3.59 0 – 0.2 -0.35 10 1.05
PF00317 1XJE 1.90 79 23 90 0.056 0.178 3.17 0.5 – 2 10.01 0.5 13.16
PF00046 1PUF 1.90 184 37 60 0.082 0.333 4.07 1, 2 6.07 2 8.60
PF00077 5FIV 1.90 48 27 108 0.049 0.093 1.89 2 -1.37 1 3.63
PF00042 1ECN 1.40 73 18 101 0.046 0.163 3.56 1, 2 6.89 2 7.19
  1. aPDB ID; bNumber of sequences; cAverage sequences pairwise similarity (%); dReference sequence length; eRandom accuracy; fAccuracy for optimal α; gImprovement ratio over random prediction for optimal α; hValues for α = 0; iα corresponding to the highest accuracy; jα corresponding to the highest Xd; kXd highest value.